História
1960:
Os X-Men foram fundados pelo Charles Francis Xavier (Professor Xavier), para defender seu sonho de "convivência pacífica entre humanos e mutantes", ao mesmo tempo em que, secretamente, defendiam a humanidade dos "Mutantes Vilões" ou "Irmandade dos Mutantes".
Assim, desde a sua fundação, os X-Men vivem numa constante batalha, "defendendo um mundo que os teme e odeia".
Xavier dá abrigo aos membros dos X-Men na sua mansão, sob a imagem de uma "Escola para Jovens Superdotados".
O seu endereço é rua Graymalkin Lane, n° 1407, em Salem Center, no condado de Westchester, Nova York.
Os primeiros alunos de Charles (os "Original X-Men") foram: Jean Grey, Mermaid (Chery), Beast (Henry 'Hank' McCoy), Iceman (Robert 'Bobby' Drake), Cyclops (Scott Summers) e Angel (Warren Worthington III).
Foram Também introduzidos ao longo da história, os arqui-inimigos da equipa: Magneto (Erik Magnus Leinsher) e a sua Irmandade de Mutantes, composta por Mercury (Pietro Maximoff), Scarlet Witch (Wanda Maximoff) - ambos irmãos de sangue e filhos adotivos de Magneto, Mastermind e Toad.


1970:
Os "Novos X-Men" eram liderados por Cyclops, da equipa original, mas contavam com os recém-criados Thunderbird (John Proudstar), um índio Apache americano.
Agricultor da antiga União Soviética Colossus (Piotr Nikolaievitch Rasputin), Nightcrawler (Kurt Wagner) que escondia sua mutação como artista de circo na Alemanha,  um arrogante japonês Solaris (Shiro Yashida), um irlandês ex-agente da Interpol Banshee (Sean Cassidy), uma mutante do Quênia venerada como deusa Storm (Ororo Monroe) e o herói que já havia aparecido nas histórias do Hulk, Wolverine (Logan/James Howlett), do Canadá, que se tornaria o personagem mutante mais famoso de todos os tempos.
Jean Grey acabou tomando mais poder, após ser incorporada pela Dark Phoenix, se tornando a personagem mais famosa do grupo.
Os outros três X-Men originais (Beast, Angel e Iceman) se afastaram da equipa, tendo apenas participações ocasionais. As novas personagens foram introduzidas nesta época, tais como: Emma Frost (a Rainha Branca do Clube do Inferno, uma organização de milionários que pretendia dominar o mundo), os Morlocks (mutantes deformados que viviam nos esgotos de Nova York), Rachel Summers (a filha Cyclops e Jean Grey, vinda de um futuro alternativo), Mistique (a maligna mutante capaz de assumir qualquer forma) e a Drª Moira McTaggert, a geneticista humana e antiga aliada de Xavier, diretora da Ilha Muir.


1980:
Nos anos 1980, a crescente popularidade da revista The Uncanny X-Men e o crescimento das vendas nas lojas especializadas levou à criação de diversas séries, apelidadas de "X-Series", com equipas derivadas dos próprios X-Men.
As principais foram os "Novos Mutantes" (uma nova geração de mutantes, que estudavam no Instituto Xavier, numa proposta semelhante à dos X-Men Originais; "X-Factor" (formados pelos X-Men Originais, que se disfarçaram de "caça-mutantes" para poder abrigar e proteger sua própria raça) e Excalibur (os "X-Men da Inglaterra"). Esse crescimento de títulos relacionados aos X-Men levou ao crescimento dos crossovers, também chamados de "X-Overs", histórias que continuavam por várias séries, algumas vezes por meses, incluindo as sagas "Mutant Massacre", "The Fall of Mutants " e "Hell".
Adições importantes para as equipes dos X-men foram: Kitty Pride, uma jovem adolescente com a capacidade de se tornar intangível; Vampire, a ex-terrorista mutante, filha adotiva de Mystique, Cristal, uma ex-cantora e pretensa pop-star; Psylocke, a telepata inglesa irmã do Captain Britain, do Excalibur, Longshot, vindo de uma dimensão alternativa, The Mojoverse, e Jubilee, uma jovem mutante que salvou a vida de Wolverine. Uma decisão polêmica levou o Professor X e Spiderman para o espaço em 1986 para ficar ao lado de sua amada Lilandra, Majestrix do Império Shiar, um gigantesco império intergaláctico. Nessa fase, Magneto, aparentemente regenerado e arrependido de seus crimes, atuou como líder dos X-Men e dos Novos Mutantes.
Este período também contou com a chegada da misteriosa Madelyne Pryor e com o retorno de Jean Grey (que foi a principal causa da formação do X-Factor, já que os X-Men originais não aceitaram estar sob o comando de seu mais antigo inimigo). A saga de maior impacto foi A Queda dos Mutantes onde, para salvar a humanidade de um cataclismo espaço-temporal, os X-Men propuseram-se sacrificar suas vidas contra um inimigo cósmico aparentemente invencível, o Adversário.
A coragem dos X-Men levou-os à vitória e, graças à ajuda de Roma, suas vidas foram poupadas. Transferindo-se para o deserto australiano, os heróis estabeleceram uma base na cidade-fantasma até então utilizada pelos Carniceiros de Mutantes. A partir deste momento, começaram a realizar suas missões com a vantagem do anonimato até que Psylocke previu um ataque dos Carniceiros de Mutantes e então induziu os seus companheiros a atravessar o portal do destino para salvá-los.
Foi nessa fase que Wolverine passou a dividir seu tempo entre a equipe e as aventuras solo na cidade fictícia de Madripoor, Psylocke tornou-se uma ninja assassina, Gambit entrou para a equipe entre outras consequências e mudanças.    


2000:
Atualmente, os X-Men restantes estão sob vigilância constante do governo, que mantém uma nova geração de Sentinelas constantemente na Mansão X, que foi transformada em um refúgio para os mutantes restantes no planeta. Após a mudança na realidade feita pela Feiticeira Escarlate, nenhuma outra criança mutante nasceu em anos.
Mas isso mudou na saga Complexo de Messias. O nascimento de uma criança mutante, com grande poder a ponto de dar curto no Cérebro.
Três facções tentam buscar a criança em um vilarejo no Alasca. Os Carrascos, liderados pelo Sr. Sinistro, entram em batalha com os Purificadores e destroem toda a vila. Os X-Men chegam tarde demais, só encontrando corpos de adultos e crianças e alguns dos combatentes. A criança sumiu e é uma incógnita sua localização. O X-Factor envia duas cópias de Madrox para duas realidades alternativas distintas para que se possa descobrir as mudanças que essa criança pode acarretar no Infinito.Layla Miller vai junto de uma cópia. Madrox descobre que as cópias que foram não voltaram mais. Os Novos Mutantes estão na mira do Predador X.
Essa saga é a promessa de mudanças para o Universo X.
Quando é mostrado quem está com a criança mutante, realmente dá para acreditar que se pode haver essa grande mudança: Cable, que todos acreditavam estar morto.
No desenrolar da saga vemos a "ESPERANÇA" que essa criança dará aos últimos mutantes do planeta, cada um com um destino para a criança. Após uma batalha, travada na ilha Muir, entre os X-Men e os Carrascos, temos um desfecho trágico para algumas partes.
Para salvar Vampira, que estava doente, Mística usa a criança como receptora da doença contraída por Vampira, sendo que foi necessário "matar o Sr. Sinistro" para o caminho ficar livre para seu plano, mas incrivelmente a criança sobrevive ao contato com a pele de Vampira que, após acordar, renega Mística por ter usado de uma criança para salvar sua vida.
Na batalha dos X-Men, que agora conta com a ajuda dos Novos Mutantes, que foram transportados pela Fada do instituto Xavier junto com o Predador X para a ilha, e do X-Factor vemos o desenrolar onde alguns Carrascos tombam perante a fome do Predador X e não menos impressionante a traição de Bishop que estava trabalhando para matar a criança que, segundo ele, pode ser a causadora de seu futuro apocalíptico.
Bishop luta contra Cable e o Predador X mutila seu braço dando a chance de Cable escapar com a criança. Após dado o aval da fuga por Cyclops, Cable foge sem destino certo, mas junto com sua fuga um desesperado Bishop atira contra a criança atingindo não ela, mas sim seu mentor, Charles Xavier. Um desfecho que terá consequências nas novas formações e na forma de atuar dos X-Men. A edição 500 da revista promete reformular tudo no mundo mutante. Atualmente os X-Men estão em San Francisco atuando junto a polícia local sob a liderança do Cyclops.  


2006:
No ano de 2006 foi revelado nos quadrinhos que a equipe de resgate que deu origem à segunda geração de X-Men (Nightcrawler, Wolverine, Thunderbird, Storm e Colossus) não foram os primeiros a irem à Krakoa. Um outro grupo (alunos de Moira McTaggert) havia sido mandado anteriormente, compunham esta equipa: Vulcano, Darwin, Reprise e Petra. As ações do Professor levaram este grupo a morte de Reprise e Petra. Isso deu continuidade à tendência de mostrar que a maioria das ações e planos do Professor Xavier nunca foram totalmente revelados aos X-Men.